Система организации и контроля реализации Программы определяется государственными заказчиками Программы в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Для управления реализацией Программы Министерство Российской Федерации по связи и информатизации создает в установленном порядке дирекцию Программы.

Министерство Российской Федерации по связи и информатизации совместно с другими государственными заказчиками Программы в установленном порядке разрабатывает и направляет в Министерство финансов Российской Федерации сводную бюджетную заявку на финансирование мероприятий Программы за счет средств федерального бюджета на очередной финансовый год, ежегодно организует подготовку доклада о ходе реализации Программы и представляет его до 1 марта в Министерство экономического развития и торговли Российской Федерации (по инвестициям), Министерство промышленности, науки и технологий Российской Федерации (по научно-исследовательским и опытно-конструкторским работам) и в Министерство финансов Российской Федерации (по расходованию средств федерального бюджета).

Для координации деятельности по реализации Программы и координации вопросов финансирования других федеральных, ведомственных и региональных программ, содержащих задания по разработке и использованию ИКТ в Российской Федерации, образуется межведомственная комиссия, в состав которой могут включаться руководители заинтересованных федеральных органов исполнительной власти и субъектов Российской Федерации. В рамках этой межведомственной комиссии образуется экспертный совет, в который включаются представители деловых кругов, высших учебных заведений, Российской академии наук, других научных и профессиональных организаций, Торгово-промышленной палаты Российской Федерации, заинтересованных федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации.

Указанная межведомственная комиссия осуществляет мониторинг и оценку эффективности реализации Программы и других программ в сфере ИКТ, взаимодействует с государственными заказчиками и другими заинтересованными федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, в том числе рассматривает доклады о ходе реализации Программы, дает рекомендации и при необходимости представляет соответствующие предложения в Правительство Российской Федерации.